На 22 юни войната, започната срещу Полша, Чехословакия, Франция и други страни продължава на територията на Съветския съюз. Нападнат е доскорошен съюзник. Сталин и Хитлер от партньори се превръщат в противници.
150 германски дивизии навлизат в СССР по 3000-километров фронт, с което се осъществява нападението на Германия съгласно разработения план “Барбароса”. Въпреки постъпилите предварително сведения, Сталин отказва да повярва, че Хитлер ще наруши постигнатите между двете страни споразумения. Германските войски започват бързо настъпление.
“Барбароса “ е кодово название, избрано от немското командване над Съветския съюз през 1941 г. През ноември 1940 г. са начертани плановете и са одобрени от Хитлер в директива № 21, датираща от 18 декември 1940 г., озаглавена “Операция Барбароса”. Предложено е приготовленията за нападението да бъдат завършени на 15 май 1941 г., а до есента немците трябва да напреднат до линията, минаваща от Арххангелск до Волга.Необходимостта Германия да се намеси на Балканите срещу Гърция и Югославия забавя нападението със 7 седмици. На 22 юни 1941 г. 79 немски девизии, подкрепени от Румънски и финландски войски, пресичат границата. Три основни групировки – Група армии Север ( фелдмаршал фон Лееб) трябва да нападне от Източна Прусия до Ленинград за един месец ; Център ( фелдмаршал фон Бок) трябва да предприеме двупосочно през Минск и Смоленкс към Москва; Юг (фелдмаршал фон Рундщед) трябва да превземе Киев, Украйна, басейна на р. Дон и Черноморското крайбрежие. Тази най-голяма военна операция в историята се проваля по две основни причини: руските ресурси и издръжливост са по-големи от очакваните. Хитлер се намесва, давайки заповед за концентриране на войските срещу Москва, след като Ленинград вече е обкръжен, а в същото време придвижва танкови войски от центъра в южната посока и по този начин облекчава защитата на Москва. До настъпването на зимата само южната армейска група успява да изпълни първоначалните заповеди.
Фелдмаршал Ерих фон Манщайн, един от най-талантливите германски офицери, участвал в Първата и Втората световни войни, споделя в своите мемоари:
„Няколко дни преди началото на настъплението ние получихме заповид от Обединеното командване, която по-късно стана известна като „заповедта за комисарите”. Същността й бе, че изискваше незабавния разстрел на всички попаднали в плен политически комисари от Червената армия – носители на болшевишката идеология.
От гледна точна на международното право политическите комисари едва ли биха могли да се възползват от привилегиите, засягащи военнослужещите. Те, разбира се, не бяха войници. Лично аз например едва ли бих възприел като войник един гаулайтер, прикрепен към мен като политически надзирател. Но тези комисари не можеха да бъдат причислени към неучастващите в боевете, подобно например на медицинския персонал, военните свещеници или кореспондентите. Напротив, без да са войници, те бяха фанатични борци и по-точно борци, чията дейност според традиционните военни понятия би трябвало да се приема като нелегална. В тяхната задача влизаше не само осъществяването на политически контрол върху командирите, но и да бъде придаден на войната възможно най-жесток характер, който напълно противоречеше на предишното схващане. Точно комисарите бяха онези, които първи въведоха тези методи на война и отношение към военнопленниците, които бяха очевидно противоречие с Хагската конвенция за водене на сухопътна война.
Но каквото и мнение да имахме относна статуса на комисарите от гледна точка на международното право, техният разстрел след вземане в плен по време на бой противоречеше на всякакви представи за нойнишкия морал. Изпълнението на тази заповед заплашваше не само честта на войските, но и техния морален дух. Поради това аз бях принуден да докладвам, че моите войски няма да я изпълнят.”
Един от най-тежките въпроси, на който все още не е даден ясен отговор е къде се е намирал на този ден "бащата на народите" Йосиф Висарионович Сталин. Преди три месеца сензационно разкритие прави Владимир Мещеряков в изследването си „Сталин и военният заговор на 22 юти 1941 г.” Авторът се е опитал да даде отговори на въпроса, къде е бил Сталин по време на първите дни от войната, когато съветските войски търпят поражение след поражение. Мещеряков предполага, че вождът на СССР е бил отровен. Зад този акт стояли висши съветски командири, които искали да извършат военен преврат. По този начин страната се оказва без държавно ръководство няколки дни, които се оказват фатални за голяма част от територията на Съветския съюз. Падат и хиляди жертви. Мещеряков е изследвал и огромен брой мемоари, което му дава основание да направи извода, че в първите дни на войната в самата армия е имало десетки саботажи, които не са били изолирани, нещо повече – имали са връзка помежду си.
Цели 65 години военната наука така и не открива смислен отговор за отсъствието на Сталин от Кремъл на 22 юни. Според Никита Хрушчов вождът изпаднал в паника и се скрил.
По времето на Леонид Брежнев историците „изпратили” Сталин в резиденцията му, където размишлявал върху темата „Защо Хитлер ме измами?”.
По-късно все пак Сталин е описан като отговорен ръководител, който в деня на нападението е бил в Кремъл и останал там до края на войната. Тогава се пласира и версията, че Сталин е бил тиранин по характер и въобще не слушал съветите на висшите военни, което довело до позорното отстъпление и многото жертви през първите месеци на войната.
Съветският съюз напада Полша на 17 септември 1939 г. съгласно споразумение с Германия от 23 август същата година, известно като „Пактът "Рибентроп-Молотов” и окупира източната част от страната, която и след войната остава в рамките на СССР. Сталин получава множество директни предупреждения за готвеното германско нашествие спрямо СССР от съветски агенти в Германия, Япония и на Балканите, включително от ген. Владимир Заимов, косвени предупреждения от Чърчил, но приема всичко това като заблуда на разузнавачите и дезинформация от страна на англичаните, с цел да го въвлекат в самоубийствена война срещу Германия, тъй като му е известно че те постъпват по същия начин и с германците, предвид неговото собствено превъоръжаване на армията, което се очаква да завърши към 1942-43 г.
Сталин не желае да предизвиква по никакъв начин немците и не е убеден във възможността от германско нападение, защото смята, че това ще е самоубийство за Хитлер, а германската армия за неспособна да осъществи цялостна успешна военна кампания срещу Съветския съюз (в което в крайна сметка се оказва прав), и защото не открива убедителни доказателства, че германската армия действително се готви да воюва в СССР през 1941 г. Например липсват всякакъв вид зимно оборудване, облекла, горива и оръжие, годни да се използват зимно време на съветска територия.
Широко е разпространено мнението, че до момента на немското нападение съветското командване не приема никакви сериозни отбранителни контрамерки. Според Виктор Суворов Съветският съюз изпълнява собствени планове за превантивно нападение срещу германските войски, с което може да се обясни неподготвеността на Червената армия за отбранителна война и изненадата на Сталин от германското нападение. Всъщност не става въпрос за изненада, защото руснаците усещат, че нещо се готви още на 17 юни и срещу 3 000 000 немска армия те изправят 5 000 000 руска с по-голям брой танкове. Но това е армия, която преди година е бита от малочислените войски на финландците, танковете й са стари модели и тя е в процес на превъоръжаване и обновяване на командния състав, стратегията и тактиката си. Част от най-талантливите съветски военачалници са изолирани от своите части и дори пратени в лагери в Сибир. Което дава възможност на Вермахта в началото бързо и успешно се справя със съветската съпротива.
След германското нападение Съветският Съюз е на прага на военно-политическа катастрофа. Нацистка Германия успява да концентрира около 70% от въоръжените си сили, подсилени със съюзнически сили срещу СССР. Съветските войски не са подготвени да окажат сериозна съпротива и биват почти напълно разгромени. Едва 24 часа след нападението германските ВВС успяват да унищожат 1200 съветски самолета. Милиони военнослужещи в Червената Армия доброволно се предават в плен. През есента на 1941 г. Москва е обхваната от паника, а правителството и чуждестранните дипломатически мисии са евакуирани в град Куйбишев (Самара).
След това нещата се променят коренно.